* Расизм: Профессора X сравнивают с лидером борьбы за права афроамериканцев Мартином Лютером Кингом-младшим, а Магнита — с более радикальным Малькольмом Икс. Целью Людей Икс часто называют достижение «мечты Ксавьера», возможно, по аналогии с исторической речью Кинга «У меня есть мечта». Магнит в первом фильме цитирует речь Малькольма X с линией «Любой ценой». В комиксах «Люди Икс» мутантов часто изображают как жертв толпы, подобно картинам линчевания негров до прихода Движения за права афроамериканцев. Стражи и мутантоненавистнические группы вроде Друзей Человечества, Последней Линии Человечества, Церкви Человечества и Страйкеровских Очистителей часто воплощают угнетающие силы, вроде Ку-клукс-клана, придавая форму отрицанию гражданских прав и свобод. В 1980-х в комиксах фигурировал сюжет с вымышленной островной нацией Дженоши, где мутантов отделяло и порабощало апартеидное государство. Это широко понимается как отсылка к тогдашней ситуации в Южной Африке.
    * Многокультурность: Персонажи «Людей Икс» воплощают разные национальности и народности. Эти персонажи также отражают религиозные или этнические меньшинства. Примеры персонажей-евреев включают Призрачную Кошку, Человека-Льда и Магнита, Пыль — верующая мусульманка, Ночной Змей — истовый католик, Росомаха и Колосс атеисты, а Буревестник III исповедует индуизм. Карма изображалась как верующая католичка, регулярно посещавшая мессу и исповедовавшаяся, когда она была представлена как участник-основатель Новых Мутантов. В эту команду также входили Волчица (верующая пресвитерианка), Даниелль Мунстар (шейенка) и Пушечное Ядро (баптист), а позже к ним присоединилась Магма (последовательница классической греко-римской политеизма).
    * Гомофобия: Хотя до 1989 года любые упоминание о гомосексуализме в комиксах были запрещены, попытки внести эти проблемы гомосексуалов в повествование ранее 1989 года приняли форму тонких намёков и скрытого подтекста. В 1980-х, во время владении компании Marvel Джимом Шутером, была принята политика «Нет геев во вселенной Marvel» и политика Marvel в 1990-х годах, о том, что все серии комиксов с персонажами-геямами должны нести ярлык «только для взрослых». Однако в 2006 году издатель Джо Кесада заявил, что эта политика больше не соблюдаются. Хотя поцелуи или объятия однополых персонажей были показаны, интимных и тем более сексуальных сцен с гомосексуальными героями не было даже в комиксах Marvel со знаком «для взрослых». Использование дискриминации мутантов, с которой они сталкиваются в комиксах о Людях Икс рассматривалось как метафора для реальной дискриминации, направленной на группы различных меньшинств, включая представителей ЛГБТ.
      Борьба мутантов за свои права во многом отражает аналогичную борьбу сексуальных меньшинств. Критики сравнивали попытки некоторых мутантов скрыть свои суперспособности от общества и то, что многие гомосексуалисты скрывают свою ориентацию от окружающих. Другие ссылки на гомофобию — это попытки «вылечить» мутантов и заключение их в лагеря. Ещё одна аллюзия, содержится в фильме «Люди Икс 2», где после того как мутант Бобби Дрейк «открылся» своим родителям, его мать спрашивает сына, не пытался ли он «не быть мутантом», ссылаясь на мнение, что ориентация не врождённое свойство человека, а его осознанный выбор. Несколько персонажей «Людей Икс» имели гомосексуальную или бисексуальную ориентацию — Анол, Судьба, Карма, Мистика, Северная звезда, Греймалкин, Риктор, Шаттерстар и Колосс (в Ultimate-версии). В среде мутантов эти персонажи не встретили никакого осуждения, вероятно, это связанно с тем, что мутанты, сами отвергнутые обществом более толерантны к «не таким как все». Одна из ссылок на трансексуалов — это попытки Архангела привязывать свои крылья к спине и прятать их под одеждой.
      Также в 1990-х во время распространения ВИЧа, в комиксах, как отражение реальности, появилась длительная сюжетная линия о Вирусе Наследия, который, как поначалу, думали поражает только мутантов, что аналогично ранним заблуждениям о ВИЧе. Интересно, что как указано в комиксах, сами мутанты не могут заболеть СПИДом из-за генетических особенностей.
    * Антисемитизм: Явно навеянное последними десятилетиями сравнение между чертами «антимутантства» и антисемитизма. Магнит, оставшись в живых после нацистской политики холокоста, воспринимает положение мутантов как аналогичное положению евреев в фашистской Германии. Трудовые лагеря мутантов на острове Дженоша, где мутантам выжигали номера на лбах имеют много общего с нацистскими концентрационными лагерями, как и лагеря в истории «Дни Будущего Прошлого». В комиксах Магнит обычно стремится создать отдельное государство мутантов, что аналогично созданию Израиля для евреев.
    * «Красный страх»: Предложение сенатора Роберта Келли «Акта регистрации мутантов» достаточно похоже на усилия Конгресса Соединенных Штатов, пытавшегося запретить коммунизм в США. В первом фильме «Люди Икс» сенатор Келли восклицает: «мы должны выяснить, кто такие эти мутанты и что они могут делать», при этом размахивая списком известных мутантов (который по своему назначению похож на список членов Коммунистической Партии США сенатора Джозефа Маккарти).
    * Субкультура: в нескольких случаях мутанты стремились создать субкультуру типичного мутантского общества. Сначала группа мутантов под названием Морлоки, хоть и являясь такими же, как студенты школы Ксавье, предпочли скрываться от общества в туннелях Нью-Йорка. Туннели Морлоков служили ареной для нескольких историй Людей Икс, в частности «Резни Мутантов». Этой группе мутантов нужно дальше изолироваться, потому что общество не примет её. В историях Гранта Моррисона начала 2000-х мутанты изображались как отдельная субкультура с «мутантскими группами» и популярным дизайнером моды мутантов, создавшим одежду, приспособленную к физиологии мутантов. Серия District X происходит в области Нью-Йорка под названием «Город Мутантов». Всё это может служить аналогией тому, как группы меньшинств устанавливают свои особенные субкультуры и районы, отличающие их от общей культуры. Мутант часто держит своё состояние в тайне от мира, что отражает чувство отчуждённости и страха, обычно проявляющееся в каждом в юности.
    * Религия: ключевая часть нескольких историй Людей Икс. Она изображалась и как позитивная, и как негативная сила, иногда в одной и той же истории. Комиксы исследуют религиозный фундаментализм через личность Уильяма Страйкера и его Очистителей, антимутантской группы, появившейся в графической новелле 1982 года «Бог любит, Человек убивает». Очистители верят, что мутанты не человеческие существа, а дети дьявола, и пытались истребить их несколько раз, наиболее недавно в истории «Конец детства». В противоположность этому, религия также центр жизней нескольких Людей Икс, в частности, Ночного змея, верующего католика, и Сурайи Кадир, верующей мусульманки-суннитки. Это отражает религиозные корни социальных активистов, вроде Махатмы Ганди и Мартина Лютера Кинга, также как и их противников, вроде Ку-Клукс-Клана или Нахтурама Годзи — убийцы Ганди и индуистского экстремиста.